1988 májusában a Szabad Kezdeményezések Hálózatának, majd a Szabad Demokraták Szövetségének alapító tagja. 1988-tól az SZDSZ ügyvivője, majd 1989-től az SZDSZ Országos Tanácsának tagja. ATörténelmi Igazságtétel Bizottság alapító tagja, majd alelnöke. 1989-től az Emberi Jogok Ligája budapesti tagozatának elnöke. 1989 és 1990 között a Magyar Írószövetség elnöke, majd tiszteletbeli elnöke. 1990 májusától országgyűlési képviselő. 1990. május és augusztus között az Országgyűlés elnöke, május 2-ától augusztus 3-áig ideiglenes köztársasági elnök. 1990. augusztus 3-án (Antall József és Tölgyessy Péter, azaz az MDF és az SZDSZ vezetői közötti kompromisszum értelmében) megválasztották a Magyar Köztársaság elnökének. Országgyűlési mandátumáról lemondott, párttagságát szüneteltette. 1995-ben újabb ötéves időszakra választották meg, posztját 2000. augusztus 3-áig töltötte be. Ugyancsak 1995-ben megkapta a NOB Olimpiai Érdemrend arany fokozatát. 1997-ben a Francia Becsületrend lovagja lett. Tíz éves elnöki periódusa alatt végig kimagaslóan vezette a politikai népszerűségi listákat.
Visszavonulása után 2000-ben Budapest díszpolgárává avatták. Ugyanebben az évben Százhalombatta díszpolgára lett. 2002-ben megkapta a Nagy Imre-érdemrendet, 2009-ben pedig a Húszéves a Köztársaság Díjat. Több egyetem díszdoktora. 90. születésnapján több százan köszöntötték háza előtt, az Open Society archívuma konferenciát rendezett életéről és munkásságáról. Ugyanebben az évben jelent meg az első hivatalos életrajz is Göncz Árpádról, méghozzá egy dél-koreai szerző, Kim Deszun tollából. Az előszót a könyvhöz Václav Havel, Göncz régi barátja, volt cseh köztársasági elnök írta.
